아주대학교의료원은 시대가 요구하는 고급인력을 양성하기 위해 학교법인 대우학원이 설립한 아주대학교에 속하면서, 의학의 교육, 진료 및 연구를 통하여 의학발전과 국민 보건향상에 기여함을 목적으로 한다.

이 목적을 실현하기 위하여 최고를 지향하는 전문지식과 인간성을 가지고 환자를 치료할 수 있는 의료인을 양성하고 지역사회 주민을 위해 전문적이고 포괄적인 의료서비스를 제공하고 질병의 원인 및 치료에 대한 끊임없는 연구와 기술개발을 추구한다.